Свакодневна исхрана директно утиче на састав и активност микробиоте. Храна богата пребиотицима — као што су целулоза, инулин и отпорни скроб — подстиче раст корисних бактерија. Ове супстанце се не варе у танком цреву, већ служе као храна бактеријама у дебелом цреву, чиме се стимулише производња корисних метаболита.

Ферментисани производи, попут јогурта, кефира, киселог купуса и кимчија, такође су добар избор за одржавање разноврсности микробиоте. С друге стране, претерана конзумација шећера и обрађене хране може пореметити овај баланс, фаворизујући раст мање пожељних микроорганизама.

Одговорна и разноврсна исхрана, уз повремено уношење пробиотика и пребиотика, може позитивно утицати на микробиоту и тиме допринети бољем варењу и укупном осећају виталности.