Наука је у последњим деценијама открила блиску повезаност између микробиоте и имуног система. Преко 70% имуног ткива налази се у цревима, што указује на важност ове области за одбрану организма. Цревне бактерије имају улогу у „тренирању“ имуног система — помажу му да разликује штетне од безопасних супстанци, чиме спречавају непотребне инфламаторне реакције.

Разноврсна микробиота је знак добро уравнотежене имуне функције. Када је цревна флора сиромашна или једнострано састављена, организам може постати подложнији инфекцијама или имунолошким поремећајима. Одржавање здраве микробиоте може представљати подршку имунитету, нарочито у сезонским периодима када је ризик од инфекција већи.